En  1953,  tres  años  después  de  la  iniciación  de  los  cursos  de  la  secundaria incorporada a la SEP, se tramita la incorporación de la preparatoria (con duración de dos años) a la UNAM. Luis Castillo Iglesias es nombrado director de la sección, cargo que desempeñó hasta que fue promovido a la Dirección General en 1971.

La  preparatoria  se  inició  con  las  orientaciones  o  áreas:  ciencias  biológicas, ciencias químicas, ingeniería, arquitectura, derecho, filosofía y economía. La  primera  generación  según  los  registros  de  actas  de  exámenes  fue  de  35 alumnos en un grupo mixto que se dividía en 5 áreas . Había materias que eran comunes  para  las  diferentes  tipos  de  bachillerato,  como  son  las  etimologías,  la lengua y Literatura española, historia universal y de México, lógica, ética, historia, derecho, música y educación física.

Los profesores debían tener un nivel académico de pasantes o licenciados, por lo que pronto se pudieron incorporar ex alumnos  a dar clases. Los  primeros  profesores  fueron:  Marco  Antonio  Estrada  Duarte  (física),  Marcelo Derbéz Amézquita (química), Manuel García Sesma (francés), Manuel Fernández de Velasco (historia de México), Juan Araujo Mayorga (etimologías), Rubén Landa Vaz  (Filosofía),  Carlos  Márquez  Mayaudón  (botánica  y  zoología),  Vicente Carbonell  Chaure  (matemáticas),  Ramón  Pontones  Hidalgo  (dibujo),  Eduardo Gorráez  Larrinaga  (Educación  Física),  Jorge  Saviñón  Tauti  (inglés),  Francisco Tomás Pons (matemáticas), Estrella Cortich Mora (lengua  y literatura española), Aurelio  Romo  Aldama  (latín)  Marcelo  Santaló  (  matemáticas  y  astronomía)y  el mismo director Luis Castillo Iglesias (historia y geografía).

Desde  un  principio  el  nivel  académico  fue  muy  alto,  todos  los  alumnos  que cursaban  la  preparatoria  ingresaban  a  licenciaturas,  ya  fuera  en  la  Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) o en el Instituto Politécnico Nacional(IPN), además los alumnos llevaba una formación y disciplina de estudio excelente que les aseguraba el éxito en sus estudios universitarios.

En 1971 simultáneamente a el programa de estudios de la preparatoria , se inicia el  sistema  CCH  (  Colegio  de  Ciencias  y  Humanidades)  que  dura  tres  años.

Cuando el maestro Castillo es promovido a Director General, en la dirección de la preparatoria es nombrada Alicia Martínez Dorado  y  como  subdirectoras de CCH Laura Fronjosá Curco y  posteriormente Luz Fernández Gordillo.

En el curso 1997 se evalúan los cambios de programas de estudios de la Escuela Nacional Preparatoria (ENP) y el CCH y se decide que este último se adapta más al perfil educativo del Colegio por lo que a partir de 1998 el Bachillerato entra de nuevo al sistema CCH de la UNAM.